在一座老城区的巷子深处，有一家只在深夜营业的杂货店，招牌上只画了一个圆圈，人们叫它“洞洞杂货店”。店主顾先生是一个永远戴着圆框眼镜的年轻男子，据说他已经经营这家店超过五十年。店里出售的东西看上去都是普通日用品，但每一样都藏着玄机——能让人梦见逝去亲人的枕头、会记录最后一句真话的录音带、能让信件穿越时间的邮票。顾客带着现实的烦恼走进来，带着被抚平的心事走出去。少女陈橙因父母离异而孤僻，成为店里唯一的常客兼帮手，在顾先生的引导下，她逐渐明白每一个物件背后都是一段未完成的故事，而帮助他人也是在修补自己内心的缺口。
顾先生告诉陈橙，洞洞杂货店的圆圈其实是“归零”的意思——所有执念回到起点，才能重新开始。他递给她一串钥匙，说自己要离开了，店铺从此交给她守护。
一位职场精英来到店里，抱怨身边全是虚伪的人际关系。顾先生卖给她一面“真话镜”，照镜子时镜中人会说出她内心真正的想法。她发现所有问题其实源于她不敢表达真实的自己。
陈橙在仓库发现了一本手记，记录着历年来杂货店帮助过的顾客故事。她惊讶地发现其中一则关于一个失忆男孩的故事，男孩的遭遇与顾先生随口提过的往事惊人地相似。
女作家买走了一支据说能让文字自动生长的钢笔，她发现写出的故事自己会修改结局——每一版都比上一版更贴近她内心深处真正想表达的东西，她终于完成了搁置十年的小说。
一位总觉得自己被家人忽略的中年男人买了一把“存在感椅子”，坐上去后家人能明显注意到他的存在。但副作用是所有人都会对他格外热情，他反而怀念起了被忽略时的清净。
陈橙在一个暴雨夜第一次独自看店，一位浑身湿透的老人推门进来，要买一包“会发芽的种子”。老人走后，陈橙发现柜台压着一张纸条：好好照顾它们——顾先生。